Cơ quan điều hành của Nghị định thư được gọi là Hội nghị các Bên của Công ước, là cuộc họp của các Bên của Nghị định thư (cũng là COP-MOP). Chức năng chính của cơ quan này là xem xét việc thực hiện Nghị định thư và đưa ra các quyết định cần thiết để thúc đẩy hoạt động hiệu quả của nó. Các quyết định theo Nghị định thư chỉ có thể được thực hiện bởi các Bên của Nghị định thư. Các bên tham gia Công ước không phải là thành viên của Nghị định thư chỉ có thể tham gia với tư cách quan sát viên trong quá trình tiến hành các cuộc họp của COP-MOP.

Nghị định thư đề cập đến nghĩa vụ của các Bên liên quan đến việc di chuyển xuyên biên giới của các LMO đến và đi từ các Bên không tham gia Nghị định thư. Các hoạt động xuyên biên giới giữa các Bên và các Bên không phải được thực hiện theo cách thức phù hợp với mục tiêu của Nghị định thư. Các bên được yêu cầu khuyến khích các bên không phải là Bên tuân thủ Nghị định thư và đóng góp thông tin cho Nhà làm rõ an toàn sinh học.